1. Η Διεύθυνση Διοίκησης είναι αρμόδια ιδίως για τη διαχείριση θεμάτων διοίκησης ανθρώπινου δυναμικού, των υπηρεσιακών μεταβολών του προσωπικού της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, το σχεδιασμό προγραμμάτων βελτίωσης της διοικητικής οργάνωσης των Υπηρεσιών της Αποκεντρωμένης Διοίκησης, την ενίσχυση της διαφάνειας στην Αποκεντρωμένη Διοίκηση, καθώς και για τη μελέτη και παρακολούθηση της εφαρμογής μέτρων για την απλούστευση των διαδικασιών και την ταχεία διεκπεραίωση των διοικητικών ενεργειών. Οφείλει να βρίσκεται σε συνεχή συνεργασία με το καθ’ ύλην αρμόδιο Υπουργείο για την καλύτερη αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς της και να ακολουθεί τις οδηγίες του.

2. Η Διεύθυνση Διοίκησης έχει έδρα τη Θεσσαλονίκη και συγκροτείται από τις ακόλουθες οργανικές μονάδες:
α) Τμήμα Προσωπικού, με έδρα τη Θεσσαλονίκη και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Αποκεντρωμένη Διοίκηση
β) Τμήμα Τοπικής Αυτοδιοίκησης και νομικών προσώπων Θεσσαλονίκης, με έδρα τη Θεσσαλονίκη και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφέρεια Κεντρικής Μακεδονίας
γ) Τμήμα Τοπικής Αυτοδιοίκησης και νομικών προσώπων Κομοτηνής, με έδρα την Κομοτηνή και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφέρεια Ανατολικής Μακεδονίας − Θράκης
δ) Τμήμα Διαφάνειας, με έδρα τη Θεσσαλονίκη και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Αποκεντρωμένη Διοίκηση
ε) Τμήμα Γραμματείας και Πληροφόρησης Πολιτών με έδρα τη Θεσσαλονίκη και τοπική αρμοδιότητα στην περιφερειακή ενότητα Θεσσαλονίκης
στ) Τμήμα Κοινωνικών Υποθέσεων, Υγείας και Πρόνοιας Κεντρικής Μακεδονίας, με έδρα τη Θεσσαλονίκη
ζ) Τμήμα Κοινωνικών Υποθέσεων, Υγείας και Πρόνοιας Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης, με έδρα την Κομοτηνή

3. Στη Διεύθυνση Διοίκησης υπάγονται επίσης και οι ακόλουθες οργανικές μονάδες ανά νομό της Αποκεντρωμένης Διοίκησης πλην της έδρας:
α) Τμήμα Διοικητικού – Οικονομικού με έδρα την πρωτεύουσα του εκάστοτε νομού
β) Τμήμα Γραμματειακής Υποστήριξης και Παροχής Πληροφοριών με έδρα την πρωτεύουσα του εκάστοτε νομού.